Nela a medúzy: Zpracování souborů

Nela teď ví o svých souborech dost na to, aby je zpracovala pomocí programu goostats – skriptu, který napsal její vedoucí. Tenhle program vypočítá jakousi statistiku ohledně proteinů. Potřebuje dva argumenty:

1. vstupní soubor (odkut přečte naměřená data),
2. výstupní soubor (kam zapíše výsledky).

Protože se Nela shell zatím učí, vybuduje si příkazy postupně. První krok je vybrat správné vstupní soubory – ty co končí na A nebo B, ale ne Z. Nela píše:

$ cd ~/Dokumenty/data-shell/north-pacific-gyre/2012-07-03
> for soubor in NENE*A.txt NENE*B.txt
> do
>     echo $soubor
> done
NENE01729A.txt
NENE01736A.txt
NENE01751A.txt
...
NENE02040B.txt
NENE02043B.txt

Dále bude potřeba vymyslet jména souborů do kterých se zapíšou výsledky. Řekněme že je pojmenuje tak, že na začátek každého vstupního jména přidá vysledky-. Napíše si tedy cyklus, který ukáže vstupní i výstupní jméno:

$ for soubor in NENE*[AB].txt
> do
>     echo $soubor vysledky-$soubor
> done
NENE01729A.txt vysledky-NENE01729A.txt
NENE01729B.txt vysledky-NENE01729B.txt
NENE01736A.txt vysledky-NENE01736A.txt
...
NENE02043A.txt vysledky-NENE02043A.txt
NENE02043B.txt vysledky-NENE02043B.txt

Nové soubory nezačínají na NENE, takže i když je potom vytvoří, cyklus for soubor in NENE*[AB].txt je nebude brát v potaz.

Zatím tedy sice nespustila program goostats, ale jména souborů už zná.

Psát skoro ten samý příkaz pořád dokola je ale nudné. A navíc tak Nela může snadno udělat chybu. Proto zmáčkne ↑ a Bash ukáže cyklus na jednom řádku:

$ for soubor in NENE*[AB].txt; do     echo $soubor vysledky-$soubor; done

Pomocí ← se dostane za echo a připíše příkaz, kterým se spouští skript od vedoucího: bash goostats.

$ for soubor in NENE*[AB].txt; do     echo bash goostats $soubor vysledky-$soubor; done
bash goostats NENE01729A.txt vysledky-NENE01729A.txt
bash goostats NENE01729B.txt vysledky-NENE01729B.txt
bash goostats NENE01736A.txt vysledky-NENE01736A.txt
...
bash goostats NENE02043A.txt vysledky-NENE02043A.txt
bash goostats NENE02043B.txt vysledky-NENE02043B.txt

To jsou přesně příkazy, které by musela spouštět ručně! Znovu tedy vyvolá předchozí řádek a smaže slovo echo. Skript se teď opravdu pustí.

$ for soubor in NENE*[AB].txt; do     bash goostats $soubor vysledky-$soubor; done

Program goostats se možná spustil, ale nic se nevypisuje. To Nele trochu vadí. Rozhodne se cyklus ukončit (Ctrl+C) a přidat do cyklu další příkaz: echo $soubor. Vždycky před spuštěním analýzy se tak vypíše jméno zpracovávaného souboru.

$ for soubor in NENE*[AB].txt; do     echo $soubor; bash goostats $soubor vysledky-$soubor; done
NENE01729A.txt

$ for soubor in NENE*[AB].txt
> do
>     echo $soubor
>     bash goostats $soubor vysledky-$soubor
> done
`

Tenhle příkaz už něco vypisuje! Každá analýza trvá asi 5 vteřin. Nela má reálně těch souborů 1500 (naše demo je menší), a tak si spočítá že to celé bude trvat asi dvě hodiny. Než si půjde uvařit kafe a přečíst nový oceánografický článek, otevře si ještě novou konzoli a zkontroluje, že v adresáři vznikají soubory s výsledky a obsah prvních z nich vypadá rozumně.