Teď, když se umíš pohybovat po adresářovém systému a vytvářet soubory, se podíváme na to, co v těch souborech je.
Začni v adresáři data-shell/molecules:
$ cd ~/Dokumenty/data-shell/molecules
$ ls -F
cubane.pdb ethane.pdb methane.pdb octane.pdb pentane.pdb propane.pdb
Podle přípony jsou tu soubory ve formátu Protein Data Bank,
což je textový formát, kterým se dají popsat druhy a pozice atomů v molekule.
Jak takový .pdb soubor vypadá?
Zkus si nějaký vypsat pomocí příkazu cat:
$ cat methane.pdb
COMPND METHANE
AUTHOR DAVE WOODCOCK 95 12 18
ATOM 1 C 1 0.257 -0.363 0.000 1.00 0.00
ATOM 2 H 1 0.257 0.727 0.000 1.00 0.00
ATOM 3 H 1 0.771 -0.727 0.890 1.00 0.00
ATOM 4 H 1 0.771 -0.727 -0.890 1.00 0.00
ATOM 5 H 1 -0.771 -0.727 0.000 1.00 0.00
TER 6 1
END
Do terminálu se ti vypíše obsah souboru – to, co by se ti ukázalo v textovém editoru, kdybys soubor otevřela.
cat?Jméno cat je zkratka z angl. catenate/concatenate – zřetězit,
spojit do sekvence. Je to termín pro spojování řetězců, jak to znáš
z Pythonu: 'Ahoj' + ' ' + 'světe'.
Když dáš příkazu cat několik argumentů, tak postupně vypíše obsah každého
daného souboru. Spojí je dohromady, jeden za druhý:
$ cat methane.pdb ethane.pdb
COMPND METHANE
AUTHOR DAVE WOODCOCK 95 12 18
ATOM 1 C 1 0.257 -0.363 0.000 1.00 0.00
ATOM 2 H 1 0.257 0.727 0.000 1.00 0.00
ATOM 3 H 1 0.771 -0.727 0.890 1.00 0.00
ATOM 4 H 1 0.771 -0.727 -0.890 1.00 0.00
ATOM 5 H 1 -0.771 -0.727 0.000 1.00 0.00
TER 6 1
END
COMPND ETHANE
AUTHOR DAVE WOODCOCK 95 12 18
ATOM 1 C 1 -0.752 0.001 -0.141 1.00 0.00
ATOM 2 C 1 0.752 -0.001 0.141 1.00 0.00
ATOM 3 H 1 -1.158 0.991 0.070 1.00 0.00
ATOM 4 H 1 -1.240 -0.737 0.496 1.00 0.00
ATOM 5 H 1 -0.924 -0.249 -1.188 1.00 0.00
ATOM 6 H 1 1.158 -0.991 -0.070 1.00 0.00
ATOM 7 H 1 0.924 0.249 1.188 1.00 0.00
ATOM 8 H 1 1.240 0.737 -0.496 1.00 0.00
TER 9 1
END
V praxi se cat většinou používá pro vypsání jediného souboru,
ale jméno stále odkazuje na tohle spojování.
S kočkama samozřejmě nemá vůbec, ale vůbec nic společného 😺
Když zadáš jen příkaz cat bez jména souboru, nestane se naoko nic.
To proto, že cat v tomhle případě vypisuje vstup z klávesnice – a to
po řádcích, takže dokud něco nenapíšeš a nestiskneš Enter,
může to vypadat že „Bash zamrzl“.
A jakmile napíšeš řádek, cat ho zopakuje.
To zatím není moc užitečné.
Jako skoro každý program se cat dá ukončit
pomocí Ctrl+C.
$ cat
ahoj
ahoj
blablabla
blablabla
^C
První opakování řádku má „na svědomí“ terminál, který automaticky ukazuje
co napíšeš na klávesnici a nechá tě např. opravovat chyby pomocí
Backspace.
Příkazu předá až kompletní řádek, když stiskneš Enter.
(Tohle chování se dá vypnout; programy jako nano se tak můžou starat
o veškerý výstup samy.)
Druhé opakování přichází od příkazu cat, který vypisuje co od terminálu
obdrží, když zmáčkneš Enter.
Zkus si vypdat obsah souboru octane.pdb.
Ten je trochu delší; máš-li menší terminál, možná se tam ani nevejde.
V dnešních terminálech můžeš sice rolovat posuvníkem,
ale hodí se umět vypsat jenom začátek – hlavičku – souboru.
To se dělá příkazem head:
$ head octane.pdb
COMPND OCTANE
AUTHOR DAVE WOODCOCK 96 01 05
ATOM 1 C 1 -4.397 0.370 -0.255 1.00 0.00
ATOM 2 C 1 -3.113 -0.447 -0.421 1.00 0.00
ATOM 3 C 1 -1.896 0.386 -0.007 1.00 0.00
ATOM 4 C 1 -0.611 -0.426 -0.198 1.00 0.00
ATOM 5 C 1 0.608 0.405 0.216 1.00 0.00
ATOM 6 C 1 1.892 -0.400 0.001 1.00 0.00
ATOM 7 C 1 3.113 0.429 0.414 1.00 0.00
ATOM 8 C 1 4.397 -0.374 0.199 1.00 0.00
Normálně head vypíše prvních 10 řádků, ale pomocí přepínače -n
můžeš zadat i jiný počet:
$ head -n4 octane.pdb
COMPND OCTANE
AUTHOR DAVE WOODCOCK 96 01 05
ATOM 1 C 1 -4.397 0.370 -0.255 1.00 0.00
ATOM 2 C 1 -3.113 -0.447 -0.421 1.00 0.00
Záporné hodnoty fungují jako v Pythonu: s -n -10 vypíše head všechny řádky
kromě deseti posledních.
Podobný příkaz je tail, který naopak vypíše poslední řádky ze souboru:
$ tail -n 4 octane.pdb
ATOM 25 H 1 4.368 -1.282 0.801 1.00 0.00
ATOM 26 H 1 5.254 0.230 0.498 1.00 0.00
TER 27 1
END
Příkazy head a tail jsou užitečné, ale někdy se potřebuješ v dlouhém
dokumentu trochu „porozhlédnout“.
K tomu slouží příkaz less, který ukáže obsah souboru podobným způsobem
jako man.
Klávesami ↑/↓/PgUp/PgDb
se v souboru „pohybuj“ a pomocí Q se dostaneš ven.
$ less octane.pdb
Proč „less“?
Příkaz less vychází ze staršího more (více), nástroje pro terminály
které neuměly „rolovat“ v historii.
Po vypsání kousku textu zobrazil něco jako Press Space for more,
„stiskni mezerník pro více [textu]“ a čekal na stisk klávesy.
Jméno Less (méně) si jen hraje se rčením méně je více
(less is more) – less je vylepšenou verzí more, která se např. umí
v souboru vracet zpátky.
Občas nepotřebuješ přímo obsah souboru, ale chceš vědět kolik obsahu v něm je.
Na to, abys to zjistila, slouží příkaz wc.
Název je zkratka z anglického word count, počet slov; podobnost s evropskou
zkratkou WC (water closet) je čistě náhodná.
$ wc octane.pdb
30 246 1828 octane.pdb
Příkaz wc vypíše čtyři hodnoty: počet řádků, počet slov, počet bytů
(tedy velikost souboru) a jméno souboru.
Z nápovědy se dozvíš jak vybrat jen jednu z těchto hodnot (nebo víc jiných).
Asi nejužitečnější je počet řádků, který vybereš přepínačem -l:
$ wc -l octane.pdb
30 octane.pdb
Když dáš příkazu wc víc souborů, vypíše informace o každém z nich:
$ wc *.pdb
20 156 1158 cubane.pdb
12 84 622 ethane.pdb
9 57 422 methane.pdb
30 246 1828 octane.pdb
21 165 1226 pentane.pdb
15 111 825 propane.pdb
107 819 6081 celkem
V posledním řádku pak vidíš součet všech položek.
Když naopak příkazu wc nezadáš žádná jména souborů, funguje podobně jako
cat: zpracuje vstup z klávesnice.
To už se může hodit: když si zkopíruješ nějaký text z editoru do schránky,
můžeš ji vložit „do“ spuštěného příkazu wc.
Dnešní editory mají funkci počítání slov zabudovanou.
Je dokonce i v nano (pod Alt+D).
Ale textová políčka třeba v prohlížeči bývají „hloupější“.
Tentokrát text neukončuj pomocí Ctrl+C – tím bys
příkaz wc ukončila, takže by nedostal šanci vypsat výsledek.
Místo toho použij Ctrl+D, což znamená „konec vstupu“.
$ wc
haló haló,
co se stalo?
2 5 23