Na dnešní lekci si do virtuálního prostředí nainstalujte následující balíčky. Můžete použít prostředí z lekce o NumPy.
$ python -m pip install --upgrade pip
$ python -m pip install notebook pandas matplotlib
Pro případ, že by vaše verze pip
-u neuměla wheels nebo na PyPI nebyly příslušné wheel balíčky, je dobré mít na systému nainstalovaný překladač C a Fortranu (např. gcc
, gcc-gfortran
) a hlavičkové soubory Pythonu (např. python3-devel
). Jestli je ale nemáte, zkuste instalaci přímo – wheels pro většinu operačních systémů existují – a až kdyby to nefungovalo, instalujte překladače a hlavičky.
Mezitím co se instaluje, stáhněte si do adresáře static
potřebné soubory:
actors.csv a
spouses.csv.
A až bude nainstalováno, spusťte si nový Notebook. (Viz lekce o Notebooku.)
Jedna z oblastí, kde popularita Pythonu neustále roste, je analýza dat. Co tenhle termín znamená?
Máme nějaká data; je jich moc a jsou nepřehledná. Datový analytik je zpracuje, přeskládá, najde v nich smysl, vytvoří shrnutí toho nejdůležitějšího nebo barevnou infografiku.
Ze statistických údajů o obyvatelstvu zjistíme, jak souvisí příjmy s dostupností škol. Zpracováním měření z fyzikálního experimentu ověříme, jestli platí hypotéza. Z log přístupů na webovou službu určíme, co uživatelé čtou a kde stránky opouštějí.
Na podobné úkoly je možné použít jazyky vyvinuté přímo pro analýzu dat, jako R, které takovým úkolům svojí syntaxí a filozofií odpovídají víc. Python jako obecný programovací jazyk sice místy vyžaduje krkolomnější zápis, ale zato nabízí možnost data spojit s jinými oblastmi – od získávání informací z webových stránek po tvoření webových či desktopových rozhraní.
Práce datového analytika se většinou drží následujícího postupu:
(založeno na diagramu z knihy *Data Wrangling in Python od Jacqueline Kazil & Katharine Jarmul, str. 3)*
S prvními dvěma kroky Python příliš nepomůže; k těm jen poznamenám, že „Co zajímavého se z těch dat dá vyčíst?” je validní otázka. Na druhé dva kroky se dá s úspěchem použít pythonní standardní knihovna: json
, csv
, případně doinstalovat requests
, lxml
pro XML či xlwt
/openpyxl
na excelové soubory.
Na zkoumání dat a přípravu výsledků pak použijeme specializovanou „datovou” knihovnu – Pandas.
Pandas slouží pro analýzu dat, které lze reprezentovat 2D tabulkou. Tento „tvar” dat najdeme v SQL databázích, souborech CSV nebo tabulkových procesorech. Stručně řečeno, co jde dělat v Excelu, jde dělat i v Pandas. (Pandas má samozřejmě funkce navíc, a hlavně umožňuje analýzu automatizovat.)
Jak bylo řečeno u NumPy, analytici – cílová skupina této knihovny – mají rádi zkratky. Ve spoustě materiálů na Webu proto najdete import pandas as pd
, případně rovnou (a bez vysvětlení) použité pd
jako zkratku pro pandas
. Tento návod ale používá plné jméno.
import pandas
Základní datový typ, který Pandas nabízí, je DataFrame
, neboli lidově „tabulka”. Jednotlivé záznamy jsou v ní uvedeny jako řádky a části těchto záznamů jsou úhledně srovnány ve sloupcích.
Nejpoužívanější způsob, jak naplnit první DataFrame, je načtení ze souboru. Na to má Pandas sadu funkcí začínající read_
. (Některé z nich potřebují další knihovny, viz dokumentace.)
Jeden z nejpříjemnějších formátů je CSV:
actors = pandas.read_csv('static/actors.csv', index_col=None)
actors
Případně lze tabulku vytvořit ze seznamu seznamů:
items = pandas.DataFrame([
["Book", 123],
["Computer", 2185],
])
items
…nebo seznamu slovníků:
items = pandas.DataFrame([
{"name": "Book", "price": 123},
{"name": "Computer", "price": 2185},
])
items
V Jupyter Notebooku se tabulka vykreslí „graficky”. V konzoli se vypíše textově, ale data v ní jsou stejná:
print(actors)
Základní informace o tabulce se dají získat metodou info
:
actors.info()
Vidíme, že je to tabulka (DataFrame
), má 6 řádků indexovaných
(pomocí automaticky vygenerovaného indexu) od 0 do 5
a 3 sloupce: jeden s objekty, jeden s int64
a jeden s bool
.
Tyto datové typy (dtypes
) se doplnily automaticky podle zadaných
hodnot. Pandas je používá hlavně pro šetření pamětí: pythonní objekt
typu bool
zabírá v paměti desítky bytů, ale v bool
sloupci
si každá hodnota vystačí s jedním bytem.
Na rozdíl od NumPy jsou typy dynamické: když do sloupce zapíšeme „nekompatibilní”
hodnotu, kterou Pandas neumí převést na daný typ, typ sloupce
se automaticky zobecní.
Některé automatické převody ovšem nemusí být úplně intuitivní, např. None
na NaN
.
Sloupec, neboli Series
, je druhý základní datový typ v Pandas. Obsahuje sérii hodnot, jako seznam, ale navíc má jméno, datový typ a „index”, který jednotlivé hodnoty pojmenovává. Sloupce se dají získat vybráním z tabulky:
birth_years = actors['birth']
birth_years
type(birth_years)
birth_years.name
birth_years.index
birth_years.dtype
S informacemi ve sloupcích se dá počítat. Základní aritmetické operace (jako sčítání či dělení) se sloupcem a skalární hodnotou (číslem, řetězcem, ...) provedou danou operaci nad každou hodnotou ve sloupci. Výsledek je nový sloupec:
ages = 2016 - birth_years
ages
century = birth_years // 100 + 1
century
To platí jak pro aritmetické operace (+
, -
, *
, /
, //
, %
, **
), tak pro porovnávání:
birth_years > 1940
birth_years == 1940
Když sloupec nesečteme se skalární hodnotou (číslem) ale sekvencí, např. seznamem nebo dalším sloupcem, operace se provede na odpovídajících prvcích. Sloupec a druhá sekvence musí mít stejnou délku.
actors['name'] + [' (1)', ' (2)', ' (3)', ' (4)', ' (5)', ' (6)']
Řetězcové operace se u řetězcových sloupců schovávají pod jmenným prostorem str
:
actors['name'].str.upper()
... a operace s daty a časy (datetime) najdeme pod dt
.
Ze slupců jdou vybírat prvky či podsekvence podobně jako třeba ze seznamů:
birth_years[2]
birth_years[2:-2]
A navíc je lze vybírat pomocí sloupce typu bool
, což vybere ty záznamy, u kterých je odpovídající hodnota true. Tak lze rychle vybrat hodnoty, které odpovídají nějaké podmínce:
# Roky narození po roce 1940
birth_years[birth_years > 1940]
Protože Python neumožňuje předefinovat chování operátorů and
a or
, logické spojení operací se tradičně dělá přes bitové operátory &
(a) a |
(nebo). Ty mají ale neintuitivní prioritu, proto se jednotlivé výrazy hodí uzavřít do závorek:
# Roky narození v daném rozmezí
birth_years[(birth_years > 1940) & (birth_years < 1943)]
Sloupce mají zabudovanou celou řadu operací, od základních (např. column.sum()
, která bývá rychlejší než vestavěná funkce sum()
) po roztodivné statistické specialitky. Kompletní seznam hledejte v dokumentaci. Povědomí o operacích, které sloupce umožňují, je základní znalost datového analytika.
print('Součet: ', birth_years.sum())
print('Průměr: ', birth_years.mean())
print('Medián: ', birth_years.median())
print('Počet unikátních hodnot: ', birth_years.nunique())
print('Koeficient špičatosti: ', birth_years.kurtosis())
Zvláště mocná je metoda apply
, která nám dovoluje aplikovat jakoukoli funkci na všechny hodnoty sloupce:
actors['name'].apply(lambda x: ''.join(reversed(x)))
actors['alive'].apply({True: 'alive', False: 'deceased'}.get)
Prvky ze sloupců jdou vybírat jako u seznamů. Ale z tabulek v Pandas jde vybírat spoustou různých způsobů. Tradiční hranaté závorky plní několik funkcí najednou, takže někdy není na první pohled jasné, co jaké indexování znamená:
actors['name'] # Jméno sloupce
actors[1:-1] # Interval řádků
actors[['name', 'alive']] # Seznam sloupců
Toto je příklad nejednoznačného chování, které zjednodušuje život datovým analytikům, pro které je knihovna Pandas primárně určena.
My, coby programátoři píšící robustní kód, budeme čisté indexování ([]
) používat jen pro výběr sloupců podle jména.
Pro ostatní přístup použijeme tzv. indexery, jako loc
a iloc
.
loc
#
Indexer loc
zprostředkovává primárně řádky, a to podle indexu, tedy hlaviček tabulky. V našem příkladu jsou řádky očíslované a sloupce pojmenované, ale dále uvidíme, že v obou indexech můžou být jakékoli hodnoty.
actors
actors.loc[2]
Všimněte si, že loc
není metoda: používají se s ním hranaté závorky.
Použijeme-li k indexování n-tici, prvním prvkem se indexují řádky a druhým sloupce – podobně jako u NumPy:
actors.loc[2, 'birth']
Na obou pozicích může být „interval”, ale na rozdíl od klasického Pythonu jsou ve výsledku obsaženy obě koncové hodnoty. (S indexem, který nemusí být vždy číselný, to dává smysl.)
actors.loc[2:4, 'birth':'alive']
Když uvedeme jen jednu hodnotu, sníží se dimenzionalita – z tabulky na sloupec (případně řádek – taky Series), ze sloupce na skalární hodnotu. Porovnejte:
actors.loc[2:4, 'name']
actors.loc[2:4, 'name':'name']
Chcete-li vybrat sloupec, na místě řádků uveďte dvojtečku – t.j. kompletní interval.
actors.loc[:, 'alive']
Další možnost indexování je seznamem hodnot. Tím se dají řádky či sloupce vybírat, přeskupovat, nebo i duplikovat:
actors.loc[:, ['name', 'alive']]
actors.loc[[3, 2, 4, 4], :]
iloc
#
Druhý indexer, který si v krátkosti ukážeme, je iloc
. Umí to samé co loc
, jen nepracuje s klíčem, ale s pozicemi řádků či sloupců. Funguje tedy jako indexování v NumPy.
actors
actors.iloc[0, 0]
Protože iloc
pracuje s čísly, záporná čísla a intervaly fungují jako ve standardním Pythonu:
actors.iloc[-1, 1]
actors.iloc[:, 0:1]
Indexování seznamem ale funguje jako u loc
:
actors.iloc[[0, -1, 3], [-1, 1, 0]]
Jak loc
tak iloc
fungují i na sloupcích (Series), takže se dají kombinovat:
actors.iloc[-1].loc['name']
V minulé sekci jsme naťukli indexy – jména jednotlivých sloupců nebo řádků. Teď se podívejme, co všechno s nimi lze dělat. Načtěte si znovu stejnou tabulku:
actors = pandas.read_csv('static/actors.csv', index_col=None)
actors
Tato tabulka má dva klíče: jeden pro řádky, index
, a druhý pro sloupce, který se jmenuje columns
.
actors.index
actors.columns
Klíč se dá změnit tím, že do něj přiřadíme sloupec (nebo jinou sekvenci):
actors.index = actors['name']
actors
actors.index
Potom jde pomocí tohoto klíče vyhledávat. Chceme-li vyhledávat efektivně (což dává smysl, pokud by řádků byly miliony), je dobré nejdřív tabulku podle indexu seřadit:
actors = actors.sort_index()
actors
actors.loc[['Eric', 'Graham']]
Pozor ale na situaci, kdy hodnoty v klíči nejsou unikátní. To Pandas podporuje, ale chování nemusí být podle vašich představ:
actors.loc['Terry']
Trochu pokročilejší možnost, jak klíč nastavit, je metoda set_index
. Nejčastěji se používá k přesunutí sloupců do klíče, ale v dokumentaci se dočtete i o dalších možnostech.
Přesuňte teď do klíče dva sloupce najednou:
indexed_actors = actors.set_index(['name', 'birth'])
indexed_actors
Vznikl tím víceúrovňový klíč:
indexed_actors.index
Řádky z tabulky s víceúrovňovým klíčem se dají vybírat buď postupně po jednotlivých úrovních, nebo n-ticí:
indexed_actors.loc['Terry']
indexed_actors.loc['Terry'].loc[1940]
indexed_actors.loc[('Terry', 1942)]
Kromě výběru dat mají klíče i jinou vlastnost: přidáme-li do tabulky nový sloupec s klíčem, jednotlivé řádky se seřadí podle něj:
indexed_actors
last_names = pandas.Series(['Gilliam', 'Jones', 'Cleveland'],
index=[('Terry', 1940), ('Terry', 1942), ('Carol', 1942)])
last_names
indexed_actors['last_name'] = last_names
indexed_actors
V posledním příkladu vidíme, že Pandas doplňuje za neznámé hodnoty NaN
, tedy "Not a Number" – hodnotu, která plní podobnou funkci jako NULL
v SQL nebo None
v Pythonu. Znamená, že daná informace chybí, není k dispozici nebo ani nedává smysl ji mít. Naprostá většina operací s NaN
dává opět NaN
:
'(' + indexed_actors['last_name'] + ')'
NaN se chová divně i při porovnávání; (NaN == NaN)
je nepravda. Pro zjištění chybějících hodnot máme metodu isnull()
:
indexed_actors['last_name'].isnull()
Abychom se NaN
zbavili, máme dvě možnosti. Buď je zaplníme pomocí metody fillna
hodnotou jako 0
, False
nebo, pro přehlednější výpis, prázdným řetězcem:
indexed_actors.fillna('')
Nebo se můžeme zbavit všech řádků, které nějaký NaN
obsahují:
indexed_actors.dropna()
Bohužel existuje jistá nekonzistence mezi NaN
a slovy null
či na
v názvech funkcí. C'est la vie.
Někdy se stane, že máme více souvisejících tabulek, které je potřeba spojit dohromady. Na to mají DataFrame
metodu merge()
, která umí podobné operace jako JOIN
v SQL.
actors = pandas.read_csv('static/actors.csv', index_col=None)
actors
spouses = pandas.read_csv('static/spouses.csv', index_col=None)
spouses
actors.merge(spouses)
Mají-li spojované tabulky sloupce stejných jmen, Pandas je spojí podle těchto sloupců. V dokumentaci se dá zjistit, jak explicitně určit podle kterých klíčů spojovat, co udělat když v jedné z tabulek chybí odpovídající hodnoty apod.
Fanoušky SQL ještě odkážu na porovnání mezi SQL a Pandas.
Dostáváme se do bodu, kdy nám jednoduchá tabulka přestává stačit. Pojďme si vytvořit tabulku větší: fiktivních prodejů v e-shopu, ve formátu jaký bychom mohli dostat z SQL databáze nebo datového souboru.
Použijeme k tomu mimo jiné date_range
, která vytváří kalendářní intervaly. Zde, i v jiných případech, kdy je jasné, že se má nějaká hodnota interpretovat jako datum, nám Pandas dovolí místo objektů datetime
zadávat data řetězcem:
import itertools
import random
random.seed(0)
months = pandas.date_range('2015-01', '2016-12', freq='M')
categories = ['Electronics', 'Power Tools', 'Clothing']
data = pandas.DataFrame([{'month': a, 'category': b, 'sales': random.randint(-1000, 10000)}
for a, b in itertools.product(months, categories)
if random.randrange(20) > 0])
Tabulka je celkem dlouhá (i když v analýze dat bývají ještě delší). Podívejme se na několik obecných informací:
# Prvních pár řádků (dá se použít i např. head(10), bylo by jich víc)
data.head()
# Celkový počet řádků
len(data)
data['sales'].describe()
Pomocí set_index
nastavíme, které sloupce budeme brát jako hlavičky:
indexed = data.set_index(['category', 'month'])
indexed.head()
Budeme-li chtít z těchto dat vytvořit tabulku, která má v řádcích kategorie a ve sloupcích měsíce, můžeme využít metodu unstack
, která "přesune" vnitřní úroveň indexu řádků do sloupců a uspořádá podle toho i data.
Můžeme samozřejmě použít kteroukoli úroveň klíče; viz dokumentace k unstack
a reverzní operaci stack
.
unstacked = indexed.unstack('month')
unstacked
Teď je sloupcový klíč dvouúrovňový, ale úroveň sales
je zbytečná. Můžeme se jí zbavit pomocí MultiIndex.droplevel
.
unstacked.columns = unstacked.columns.droplevel()
unstacked
A teď můžeme data analyzovat. Kolik se celkem utratilo za elektroniku?
unstacked.loc['Electronics'].sum()
Jak to vypadalo se všemi elektrickými zařízeními v třech konkrétních měsících?
unstacked.loc[['Electronics', 'Power Tools'], '2016-03':'2016-05']
A jak se prodávalo oblečení?
unstacked.loc['Clothing']
Metody stack
a unstack
jsou sice asi nejužitečnější, ale stále jen jeden ze způsobů jak v Pandas tabulky přeskládávat. Náročnější studenti najdou další možnosti v dokumentaci.
Je-li nainstalována knihovna matplotlib
, Pandas ji umí využít k tomu, aby kreslil grafy. Nastavení je trochu jiné pro Jupyter Notebook a pro příkazovou řádku.
Používáte-li Jupyter Notebook, zapněte integraci pro kreslení grafů pomocí:
import matplotlib
# Zapnout zobrazování grafů (procento uvozuje „magickou” zkratku IPythonu):
%matplotlib inline
a pak můžete přímo použít metodu plot()
, která bez dalších argumentů vynese data z tabulky proti indexu:
unstacked.loc['Clothing'].dropna().plot()
Jste-li v příkazové řádce, napřed použij plot()
a potom se na graf buď podívete, nebo ho uložte:
# Setup
import matplotlib.pyplot
# Plot
unstacked.loc['Clothing'].plot()
matplotlib.pyplot.show()
matplotlib.pyplot.savefig('graph.png')
Funkce show
a savefig
pracují s „aktuálním” grafem – typicky posledním, který se vykreslil. Pozor na to, že funkce savefig
aktuální graf zahodí; před dalším show
nebo savefig
je potřeba ho vykreslit znovu.
V kombinaci s dalšími funkcemi Series
a DataFrame
umožňují grafy získat o datech rychlý přehled:
# Jak se postupně vyvíjely zisky z oblečení?
# `.T` udělá transpozici tabulky (vymění řádky a sloupce)
# `cumsum()` spočítá průběžný součet po sloupcích
unstacked.T.fillna(0).cumsum().plot()
# Jak si proti sobě stály jednotlivé kategorie v březnu, dubnu a květnu 2016?
unstacked.loc[:, '2016-03':'2016-05'].plot.bar(legend=False)
Další informace jsou, jak už to bývá, v dokumentaci.
Často používaná operace pro zjednodušení tabulky je groupby
, která sloučí dohromady řádky se stejnou hodnotou v některém sloupci a sloučená data nějak agreguje.
data.head()
Samotný výsledek groupby()
je jen objekt:
data.groupby('category')
... na který musíme zavolat příslušnou agregující funkci. Tady je například součet částek podle kategorie:
data.groupby('category').sum()
Nebo počet záznamů:
data.groupby('category').count()
Groupby umí agregovat podle více sloupců najednou (i když u našeho příkladu nedává velký smysl):
data.groupby(['category', 'month']).sum().head()
Chceme-li aplikovat více funkcí najednou, předáme jejich seznam metodě agg
. Časté funkce lze předat jen jménem, jinak předáme funkci či metodu přímo:
data.groupby('category').agg(['mean', 'median', sum, pandas.Series.kurtosis])
Případně použijeme zkratku pro základní analýzu:
g = data.groupby('month')
g.describe()
A perlička nakonec – agregovat se dá i podle sloupců, které nejsou v tabulce. Následující kód rozloží data na slabé, průměrné a silné měsíce podle toho, kolik jsme v daném měsíci vydělali celých tisícikorun, a zjistí celkový zisk ze slabých, průměrných a silných měsíců:
bin_size = 10000
by_month = data.groupby('month').sum()
by_thousands = by_month.groupby(by_month['sales'] // bin_size * bin_size).agg(['count', 'sum'])
by_thousands
by_thousands[('sales', 'sum')].plot()