Teď, když se umíš pohybovat po adresářovém systému a vytvářet soubory, se podíváme na to, co v těch souborech je.
Začni v adresáři data-shell/molecules:
$ cd ~/Dokumenty/data-shell/molecules
$ ls -F
cubane.pdb ethane.pdb methane.pdb octane.pdb pentane.pdb propane.pdb
Podle přípony jsou tu soubory ve formátu Protein Data Bank,
což je textový formát, kterým se dají popsat druhy a pozice atomů v molekule.
Jak takový .pdb soubor vypadá?
Zkus si nějaký vypsat pomocí příkazu cat:
$ cat methane.pdb
COMPND METHANE
AUTHOR DAVE WOODCOCK 95 12 18
ATOM 1 C 1 0.257 -0.363 0.000 1.00 0.00
ATOM 2 H 1 0.257 0.727 0.000 1.00 0.00
ATOM 3 H 1 0.771 -0.727 0.890 1.00 0.00
ATOM 4 H 1 0.771 -0.727 -0.890 1.00 0.00
ATOM 5 H 1 -0.771 -0.727 0.000 1.00 0.00
TER 6 1
END
Do terminálu se ti vypíše obsah souboru – to, co by se ti ukázalo v textovém editoru, kdybys soubor otevřela.
cat?Jméno cat je zkratka z angl. catenate/concatenate – zřetězit,
spojit do sekvence. Je to termín pro spojování řetězců, jak to znáš
z Pythonu: 'Ahoj' + ' ' + 'světe'.
Když dáš příkazu cat několik argumentů, tak postupně vypíše obsah každého
daného souboru. Spojí je dohromady, jeden za druhý:
$ cat methane.pdb ethane.pdb
COMPND METHANE
AUTHOR DAVE WOODCOCK 95 12 18
ATOM 1 C 1 0.257 -0.363 0.000 1.00 0.00
ATOM 2 H 1 0.257 0.727 0.000 1.00 0.00
ATOM 3 H 1 0.771 -0.727 0.890 1.00 0.00
ATOM 4 H 1 0.771 -0.727 -0.890 1.00 0.00
ATOM 5 H 1 -0.771 -0.727 0.000 1.00 0.00
TER 6 1
END
COMPND ETHANE
AUTHOR DAVE WOODCOCK 95 12 18
ATOM 1 C 1 -0.752 0.001 -0.141 1.00 0.00
ATOM 2 C 1 0.752 -0.001 0.141 1.00 0.00
ATOM 3 H 1 -1.158 0.991 0.070 1.00 0.00
ATOM 4 H 1 -1.240 -0.737 0.496 1.00 0.00
ATOM 5 H 1 -0.924 -0.249 -1.188 1.00 0.00
ATOM 6 H 1 1.158 -0.991 -0.070 1.00 0.00
ATOM 7 H 1 0.924 0.249 1.188 1.00 0.00
ATOM 8 H 1 1.240 0.737 -0.496 1.00 0.00
TER 9 1
END
V praxi se cat většinou používá pro vypsání jediného souboru,
ale jméno stále odkazuje na tohle spojování.
S kočkama samozřejmě nemá vůbec, ale vůbec nic společného 😺
Podobnou historii má i příkaz touch (česky “dotknout se”): původně byl
vytvořen proto, aby se dal jednoduše aktualizovat čas poslední změny souboru.
To stále dělá: až budeš chtít tuhle informaci u nějakého souboru změnit,
koukni na man touch.
To, že touch vytvoří nový soubor (pokud zatím neexistuje) je
“jen vedlejší efekt” téhle aktualizace. Je ale často užitečnější než
“opravdový" účel.
Když zadáš jen příkaz cat bez jména souboru, nestane se naoko nic.
To proto, že cat v tomhle případě vypisuje vstup z klávesnice – a to
po řádcích. Takže dokud něco nezadáš, může to vypadat že „Bash zamrzl“.
Ale jakmile napíšeš celý řádek řádek a zmáčkenš Enter,
cat ho zopakuje.
To zatím není moc užitečné, ale za chvíli se to bude hodit.
Jako skoro každý program se cat dá ukončit
pomocí Ctrl+C.
$ cat
ahoj
ahoj
blablabla
blablabla
^C
První opakování řádku má „na svědomí“ terminál, který automaticky ukazuje
co napíšeš na klávesnici a nechá tě např. opravovat chyby pomocí
Backspace.
Příkazu předá až kompletní řádek, když stiskneš Enter.
(Tohle chování se dá vypnout; programy jako nano se starají
o veškerý výstup samy.)
Druhé opakování přichází od příkazu cat, který vypisuje co od terminálu
obdrží, když zmáčkneš Enter.
Zkus si vypdat obsah souboru octane.pdb.
Ten je trochu delší; máš-li menší terminál, možná se tam ani nevejde.
V dnešních terminálech můžeš sice rolovat posuvníkem,
ale hodí se umět vypsat jenom začátek – hlavičku – souboru.
To se dělá příkazem head:
$ head octane.pdb
COMPND OCTANE
AUTHOR DAVE WOODCOCK 96 01 05
ATOM 1 C 1 -4.397 0.370 -0.255 1.00 0.00
ATOM 2 C 1 -3.113 -0.447 -0.421 1.00 0.00
ATOM 3 C 1 -1.896 0.386 -0.007 1.00 0.00
ATOM 4 C 1 -0.611 -0.426 -0.198 1.00 0.00
ATOM 5 C 1 0.608 0.405 0.216 1.00 0.00
ATOM 6 C 1 1.892 -0.400 0.001 1.00 0.00
ATOM 7 C 1 3.113 0.429 0.414 1.00 0.00
ATOM 8 C 1 4.397 -0.374 0.199 1.00 0.00
Normálně head vypíše prvních 10 řádků, ale pomocí přepínače -n
můžeš zadat i jiný počet:
$ head -n4 octane.pdb
COMPND OCTANE
AUTHOR DAVE WOODCOCK 96 01 05
ATOM 1 C 1 -4.397 0.370 -0.255 1.00 0.00
ATOM 2 C 1 -3.113 -0.447 -0.421 1.00 0.00
Záporné hodnoty fungují jako v Pythonu: s -n -10 vypíše head všechny řádky
kromě deseti posledních.
Podobný příkaz je tail, který naopak vypíše poslední řádky ze souboru:
$ tail -n 4 octane.pdb
ATOM 25 H 1 4.368 -1.282 0.801 1.00 0.00
ATOM 26 H 1 5.254 0.230 0.498 1.00 0.00
TER 27 1
END
Příkazy head a tail jsou užitečné, ale někdy se potřebuješ v dlouhém
dokumentu trochu „porozhlédnout“.
K tomu slouží příkaz less, který ukáže obsah souboru podobným způsobem
jako man.
Klávesami ↑/↓/PgUp/PgDb
se v souboru „pohybuj“ a pomocí Q se dostaneš ven.
$ less octane.pdb
Proč „less“?
Příkaz less vychází ze staršího more (více), nástroje pro terminály
které neuměly „rolovat“ v historii.
Po vypsání kousku textu zobrazil něco jako Press Space for more,
„stiskni mezerník pro více [textu]“ a čekal na stisk klávesy.
Jméno Less (méně) si jen hraje se rčením méně je více
(less is more) – less je vylepšenou verzí more, která se umí v souboru
vracet zpátky (a mnohem víc).
Občas nepotřebuješ přímo obsah souboru, ale chceš vědět kolik obsahu v něm je.
Na to, abys to zjistila, slouží příkaz wc.
Název je zkratka z anglického word count, počet slov; podobnost s evropskou
zkratkou WC (water closet) je čistě náhodná.
$ wc octane.pdb
30 246 1828 octane.pdb
Příkaz wc vypíše čtyři hodnoty: počet řádků, počet slov, počet bytů
(tedy velikost souboru) a jméno souboru.
Z nápovědy se dozvíš jak vybrat jen jednu z těchto hodnot (nebo víc jiných).
Asi nejužitečnější je počet řádků, který vybereš přepínačem -l:
$ wc -l octane.pdb
30 octane.pdb
Když dáš příkazu wc víc souborů, vypíše informace o každém z nich:
$ wc *.pdb
20 156 1158 cubane.pdb
12 84 622 ethane.pdb
9 57 422 methane.pdb
30 246 1828 octane.pdb
21 165 1226 pentane.pdb
15 111 825 propane.pdb
107 819 6081 celkem
V posledním řádku pak vidíš součet všech položek.
Když naopak příkazu wc nezadáš žádná jména souborů, funguje podobně jako
cat: zpracuje vstup z klávesnice.
To už se může hodit: když si zkopíruješ nějaký text z editoru do schránky,
můžeš ji vložit „do“ spuštěného příkazu wc.
Dnešní editory mají funkci počítání slov zabudovanou.
Je dokonce i v nano (pod Alt+D).
Ale textová políčka třeba v prohlížeči bývají „hloupější“.
Tentokrát po napsání textu nemačkej Ctrl+C – tím bys
příkaz wc ukončila, takže by nedostal šanci vypsat výsledek.
Místo toho použij na začátku řádku Ctrl+D,
což znamená „konec vstupu“.
$ wc
haló haló,
co se stalo?
2 5 23
Zkratka Ctrl+D, konec vstupu, funguje i pro příkazy
jako cat.
A dokonce i pro samotný bash: když zmáčkneš tuhle zkratku
místo příkazu, Bash se ukončí.